A pesar del nuevo acuerdo de paz, persisten las dudas sobre la posibilidad de una paz y una justicia duraderas para las víctimas de la violencia.
La Asociación de Pueblos Amenazados (APM) reaccionó con gran escepticismo ante la firma del nuevo acuerdo de paz para el sur de Sudán. Tras el fracaso del acuerdo de paz de 2015, el 5 de agosto el Presidente del Sudán meridional, Salva Kiir, y el líder de la oposición y ex Vicepresidente, Riek Machar, se reunieron en la capital sudanesa, Jartum, para firmar un nuevo acuerdo de paz en presencia de varios jefes de Estado africanos, que debería poner fin a cinco años de sangrienta guerra civil. El acuerdo, que regula la distribución del poder en la joven nación africana, prevé que el actual presidente Salva Kiir conserve su cargo presidencial mientras que el líder rebelde Riek Machar es reincorporado al gobierno de unidad nacional como primer vicepresidente.
La división de poder establecida por el nuevo acuerdo vuelve a proponer a las mismas personas que ya tenían las mismas posiciones antes de la guerra y cuya lucha por el poder ha arrastrado al país a una guerra civil en la que murieron más de 50.000 personas y, además de haber arrasado el país, ha hecho huir a 2 millones de habitantes de una población de 12 millones.
Según el PMA, los cimientos sobre los que debe construirse la esperada paz duradera en el país son, por tanto, muy débiles. No sólo porque el país seguirá siendo gobernado por quienes desencadenaron la guerra por su anhelo de poder, sino también porque los gobiernos de sus vecinos Kenia, Uganda y Egipto parecen poco interesados en poner fin a la violencia y comprometerse con una paz genuina en el sur de Sudán y, por último, porque la división de poder establecida por el nuevo acuerdo deja poco espacio para el procesamiento legal de los crímenes cometidos. De hecho, ambas partes están acusadas de crímenes de guerra y crímenes de lesa humanidad. Reinstituidos en sus posiciones de poder es difícil pensar que los dos líderes permitirán investigaciones serias, pero es más probable que cada uno intente bloquear la investigación de crímenes cometidos por su propio bando. Sin una justicia real para todas las víctimas del conflicto, cualquiera que sea el bando al que pertenezcan, es difícil pensar que la violencia en el país pueda terminar de una vez por todas.
Con los acuerdos de paz de 2015, que fracasaron, la Unión Africana (UA) fue acusada de establecer un tribunal penal mixto para investigar los crímenes de guerra y los crímenes de lesa humanidad cometidos por ambas partes. Hasta ahora no se ha hecho nada, y a una pregunta específica del embajador de Estados Unidos en el sur de Sudán, el ministro de Justicia sudanés respondió lacónicamente que el gobierno «está hablando de ello con la UA».