Cuando, hacia el año 3000 a.C., Narmer, casi unánimemente identificado con Menes, partió del sur de Sudán, unió el Alto y Bajo Egipto y se convirtió en un faraón, con este gesto vinculó el destino de dos pueblos. Hace unos 10.000 años, el Sahara era rico en animales y vegetación: un equipo de arqueólogos encontró representaciones de vacas y gacelas en el desierto sudanés. Después del Nilo un pueblo de agricultores se asentó allí, creando las primeras formas de civilización egipcio-nubia.
El historiador y antropólogo senegalés Cheik Anta Diop afirmó en las décadas de 1950 y 1960 que los primeros egipcios tenían la piel oscura, pero el pensamiento colonialista de la época negó que las poblaciones africanas tuvieran un pasado históricamente relevante. Sólo se estudió Egipto y el Reino de Kush, también llamado Nubia, no interesó a nadie: cuando el arqueólogo americano George Reisner vio el sitio de El-Kuru, con imponentes estatuas de faraones negros y sus tesoros, escondió sus descubrimientos.
Al principio un amigo y aliado de Egipto, el reino de Kush se convirtió en su enemigo debido al oro, que poseía en abundancia y sirvió para crear las joyas que se consideraban necesarias para el viaje al más allá de los faraones. En cierto momento los kushiti se convirtieron en esclavos de los egipcios, pero también hicieron incursiones en su territorio, en una alternancia de paz y conflicto. La aparición de faraones de piel más clara hizo de la población negra una minoría.
El mayor gobernante kushite fue Piankhi, al que sucedió su hermano Shabaka y otros soberanos de la XXV dinastía, entre ellos Taarka, descrito como un rey indulgente y un gran constructor. Los kushiítas adoraban al dios de Amón y tenían una montaña sagrada en forma de cobra. Su capital Kerma era hermosa y se extendía alrededor del templo de Defufa. Las pirámides eran más numerosas y más pequeñas que las egipcias. En 700 a.C., debido a una severa hambruna, la capital fue trasladada de Kerma a Meroe.
El alfabeto meroitico era diferente de los jeroglíficos y el lenguaje aún no ha sido descifrado completamente. A los reinos de los faraones siguieron los de las reinas, guerreros que condujeron a las tropas a la batalla, grandes constructores de pirámides, hábiles diplomáticos y soberanos que eligieron a sus esposas. El más famoso fue Amanishakheto, que firmó un tratado de paz con los romanos después de detener numerosas invasiones. Su fabuloso tesoro fue descubierto en 1834 por el italiano Giuseppe Ferlini. La pirámide que la contenía fue destruida y los objetos vendidos a varios museos, incluidos los de Munich y El Cairo.