Λίγα είναι γνωστά για την εξέλιξη της ομοφυλοφιλίας των πρώτων λαών της Αμερικής επειδή ιστορικά, έχει υποστεί μια επίπονη και ομοφοβική κριτική. Όταν οι Ευρωπαίοι έφθασαν στην Αμερική στα τέλη του 15ου αιώνα και ξεκίνησαν να έρχονται σε επαφή με τους γηγενής, τρομοκρατήθηκαν από τις διάφορες τελετές και πρακτικές των αυτοχθόνων με αποτέλεσμα να τις απαγορεύουν και να τιμωρούν όποιον τις τελούσε.
Μέσω των πολυάριθμων κεραμικών και χειροτεχνιών που βρέθηκαν κατά την τεκμηρίωση των ευρωπαϊκών αποικιών, συνειδητοποιούμε πως πριν την άφιξη της λευκής φυλής, οι ιθαγενείς Αμερικάνοι έτρεφαν μεγάλο σεβασμό κ αποδέχονταν τους ανθρώπους με διαφορετικό σεξουαλικό προσανατολισμό, τόσο άντρες όσο και γυναίκες, θεωρώντας τους ως ξεχωριστά, μαγικά πλάσματα, προικισμένα με υπερφυσικές δυνάμεις η παρουσία των οποίων θεωρείτο καλή τύχη.
Στους αυτόχθονες λαούς της Βόρειας Αμερικής, υπάρχουν μέλη κοινοτήτων με δύο πνεύματα, δηλαδή ενυπάρχουν σε αυτούς και τα δυο φύλα. Αυτοί οι λαοί θεωρούνταν ξεχωριστοί γιατί είχαν την ικανότητα να αμφισβητήσουν τη φύση. Οι αυστηρές διακρίσεις του φύλου δεν ήταν σημαντικές και έτσι το κάθε άτομο μπορούσε να ακολουθεί τα σεξουαλικά του αισθήματα. Μάλιστα λέγεται πως, και άλλοι αυτόχθονες πολιτισμοί είχαν μέχρι και πέντε φύλα: γυναικείο, αντρικό, γυναικείο με δύο πνεύματα, αντρικό με δύο πνεύματα και κάποιοι ήταν διεμφυλικοί. Υπάρχουν αναφορές για έναν τρανσέξουαλ πολεμιστή Sioux που αρεσκόταν να φοράει γυναικεία ρούχα ακόμα και όταν ήταν παντρεμένος με γυναίκα, κάτι που δεν μείωνε την ικανότητα του στις μάχες ενάντια στους αποίκους.
Οι Μάγια οργάνωναν πάρτυ που περιελάμβαναν ομοφυλοφιλικές πράξεις και μάλιστα έτειναν να θεωρούν την ομοφυλοφιλία, σαν μια προτιμότερη μορφή συνεύρεσης για το προγαμιαίο σεξ, με αποτέλεσμα οι ευγενείς να χρησιμοποιούν σεξουαλικούς δούλους για τα παιδιά τους. Μέσα στη κοινωνία των Αζτέκων και σύμφωνα με διάφορες δημόσιες τελετουργίες που έχουν αναλυθεί, υπήρχε κατανόηση για την ομοφυλοφιλία. Είναι γνωστό ότι λάτρευαν τον θεό Xochiquetzal, ο οποίος κάτω από την ανδρική όψη ονομαζόταν Xochililli. Πιστεύεται πως ο Xochipilli ήταν ο υποστηρικτής της ανδρικής ομοφυλοφιλίας, προϊδεάζοντας για το γεγονός ύπαρξης ομοφυλοφιλικών τελετών, συμπεριλαμβανομένης της ιεροσύνης και της λειτουργίας.
Οι άνθρωποι που ορίζουν τον εαυτό τους ως ετερόφυλους ή ως έχοντες ένα φύλο, θα μπορούσαν να ταιριάξουν με κάποιον που έχει δυο ‘πνεύματα χωρίς αυτό να θεωρείται ομοφυλοφιλική συμπεριφορά, δεδομένου ότι αυτό το άτομο προσελκύεται από άντρες ή γυναίκες.
Σήμερα, στην Οαχάκα του Μεξικού, μπορείτε να βρείτε την κοινότητα του Muxe, που θεωρείται μέρος του τρίτου φίλου. Αυτή η κοινότητα αποτελείται από άνδρες που φορούν παραδοσιακά φορέματα της περιοχής και χτενίζονται ανάλογα (όπως η περίπτωση της Φρίντα Κάλο). Παραδοσιακά τα μέλη της κοινότητας, είχαν την ευθύνη να μυήσουν τους νέους στην σεξουαλική ζωή και ταυτόχρονα να διατηρήσουν άθικτη την παρθενιά των νέων γυναικών της κοινότητας μέχρι τον γάμο. Σήμερα η απόκτηση ενός παιδιού της φυλής Muxeμέσα στην οικογένεια θεωρείται ευτυχία, τιμή και είναι λόγος εορτασμού αφού εκπληρώνουν το καθήκον να βοηθήσουν τα γηραιότερα μέλη της οικογένειας σε δύσκολες στιγμές. Για τις μητέρες θεωρούνταν ο «καλύτερος γιος» καθώς αντιπροσώπευε την οικονομική και ηθική υποστήριξη. Στις περιπτώσεις που δεν υπάρχουν κορίτσια στην οικογένεια και τα αγόρια δεν δείχνουν την απαιτούμενη ‘φυσική αρσενική επιθετικότητα’, οι μητέρες μεγαλώνουν το παιδί ευνοώντας μια ‘θηλυκή συμπεριφορά’.
Σύμφωνα με ανθρωπολογικές μελέτες, στη Νότια Αμερική και συγκεκριμένα στο Εκουαδόρ, υπήρχαν ανδρικές και γυναικείες θεότητες. Μέσα στις πεποιθήσεις τους ήταν να θεωρούν πως για να γίνει κάποιος σαμάνος, ήταν απαραίτητο να είναι ομοφυλόφιλος ή αμφιφυλόφιλος. Να αντιπροσωπεύει το θηλυκό και το αρσενικό σε ένα ενιαίο ον. Στη κεντρική και νότια αυτοκρατορία των Ίνκας, η ομοφυλοφιλία δεν επιτρεπόταν, κάτι που δεν συνέβαινε στο βόρειο τμήμα. Συνήθως συνδεόταν με θρησκευτικό χαρακτήρα. Σε αντίθεση με την αρσενική ομοφυλοφιλία που ήταν ελάχιστα αποδεκτή, oι Ίνκας έδειχναν ιδιαίτερη ευαισθησία για την γυναικεία, την οποία και αποδέχονταν μέσα στην κοινωνία.
Στη Βενεζουέλα, η ένταξη των τρανσέξουαλ ανδρών ήταν συνηθισμένη μεταξύ της εθνοτικής ομάδας των Warao, γνωστοί και ως ‘tida winas’. Οι Warao, είναι άντρες που ντύνονται σαν γυναίκες και βοηθούν τις συζύγους στο σπίτι. Μοιράζονται το κρεβάτι τους με άλλους άνδρες χωρίς να αισθάνονται ανταγωνισμό από τις γυναίκες τους. Σήμερα όμως υπόκεινται σε διακρίσεις και βία χάρη στην ομοφοβία που έχει κυριαρχήσει και διαποτίσει την επικρατούσα αντίληψη, σαν αποτέλεσμα της επαφής τους με τη Δύση και την άφιξη του AIDS στη κοινότητα.
Η εγχώρια κοσμοθεωρία μέσα από την ομοφυλοφιλία (στην πλειοψηφία της), πριν από την κατάκτηση, αποδεχόταν αυτό το είδος της σχέση ως φυσική. Μόνο μετά την άφιξη των κατακτητών οι οποίοι και απαγόρευσαν αυτού του είδους πρακτικών, θεωρήθηκαν ως αμαρτία. Είναι ειρωνικό ότι αυτές οι ομάδες ‘αγρίων’ μπορούσαν να ζουν αρμονικά για δεκαετίες με εμπόδια που τον 21ο αιώνα δεν μπορούμε να ξεπεράσουμε.